Первое упоминание о поселке Глубокий датируется 60-ми годами 19 века, по принятому тогда решению строить станцию возле хутора Иванкова на сыром и гиблом месте. Местные же казаки не возражали – им не нужен был этот непригодный участок земли. Так в 25 км к северу от станице Каменской (г. Каменск сегодня) строятся небольшие деревянные железнодорожные вокзалы, затем в 70-е годы – кирпичные, простоявшие до 1942 года. Поселение для рабочих, обслуживающих стройку и железнодорожный вокзал, разместившееся возле хутора Иванков на реке Глубокой, стало называться по имени реки - Глубокой. Это название получила и станция.