Старейшая в ВМФ России гидрографическая служба Балтийского флота была образована 5 апреля 1918 г.

Однако первые гидрографические работы на Балтике стали проводиться еще в начале ХVIII века по личному указанию императора Петра I. Тогда же получили развитие маячная и лоцманская службы. В 1918 г. основными задачами гидрографической службы Балтийского флота были: составление и уточнение картографических материалов, проведение океанографических исследований, обслуживание маяков, навигационных знаков, буев и вех на островах и мысах Балтики, ежегодное издание около 12 000 экземпляров морских навигационных карт и 14 000 пособий для плавания. В настоящее время служба является структурным формированием Управления навигации и океанографии Министерства обороны Российской Федерации.