Экспедиция подводных работ особого назначения была учреждена при Особом отделе Государственного политического управления.

Первоначально перед ЭПРОНом была поставлена задача по поиску английского корабля «Принц», затонувшего во время Крымской войны под Балаклавой, однако очень скоро круг задач расширился. Основной деятельностью ЭПРОНа стал подъем кораблей и судов, затонувших в период Первой мировой и Гражданской войн. В 1925 г. в структуре экспедиции были созданы водолазные курсы в Балаклаве, которые в 1932 г. реорганизовали в Военизированный морской водолазный техникум, ставший общесоюзным центром подготовки водолазов.