По обвинению в убийстве полицейского, молодую девушку по имени Никита (Уилсон) суд приговаривает к пожизненному заключению. Вскоре после суда её вербует Первый Отдел — секретная контртеррористическая организация. Никита становится оперативным сотрудником Первого отдела. Для всего остального мира она мертва, во все официальные документы внесена информация, что она покончила с собой передозировкой транквилизаторов.
Никита вынуждена научиться принятым в Первом отделе безжалостным методам работы хладнокровного агента-убийцы. За малейшая ослушание или ошибку ей грозит смерть или камера пыток. Очень трудно остаться нормальным человеком в железных стенах этого заведения, оснащённого триадой ультра-современныых супер компьютеров, кибернетикой и новейших научно-технических разработок, где центральная позиция — быть идеальной убийцей, где она должна следовать безжалостным приказам. Эта борьба Никиты на-протяжении всего сериала с "железными и жестокими правилами отдела", в то же время оставаясь в рамках них - за свои идеалы: за добро, за свободу от железных стен и правил заведения, переполненного слежками и постоянными интригами, за волю, за свои сердечные человеческие начала, за помощь слабому и невиновному, и главное, за своё тёплое женское счастье, за любовь составляет центральную сюжетную линию сериала. Отношения Никиты с её наставником — оперативником Майклом (Дюпюи) - от простого ученика-учителя, до крепких друзей и партнёров по взаимовыручки в трудную минуту - вплоть до крепкой любовной
и романтической привязанности, и борьба за них с железным руководством отделом, составляет вторую сюжетную линию сериала.
В четвёртом сезоне руководство отдела, решив провести эксперимент над психикой Никиты, пытается сделать Никиту, более лояльной к методам работы отдела, сделать из него безжалостного и холодного «идеального» робота-убийцу, которая бездумно и бесчувственно выполняет, что ей приказывают, чтобы Никита забыла о своих чувствах и слепо "точной меткой убийцы" выполняла приказы Отдела, который к этому времени начинал напоминать ей ад. К Майклу она привязалась «больше, чем положено», однако любовь побеждает и Майкл смог спасти Никиту от действия психотропов, но, несмотря на это, несчастным влюблённым так и не суждено быть вместе. Хитрыми уловками, сбежав из отдела, против воли начальства, благодаря поддержке друзей и врагов отдела, уничтожив их профайлы про себя, некоторое им удаётся пожить счастливой и непринуждённой жизнью любовной пары. Но несмотря на это, несчастным влюблённым так и не суждено быть вместе.
И Никите в конце придётся сделать непростой выбор - отдел, или счастливая совместная жизнь с Майклом.
Второстепенную сюжетную линию составляют отношения между Шефом (Юджин Роберт Глэйзер) и Мэделин (Альберта Ватсон) — завсегдатых руководителей отдела, которые, несмотря на каменную холодность и жесткость в плане «железных, кибернетизированных и убийственных правил Отдела», также развивают чувства друг к другу, "больше чем положено".