Der Director's Cut ist eine Überarbeitung des ursprünglichen Titels und ergänzt das Spiel um zahlreiche Szenen und neue Rätsel. Unter anderem wird Nico als zweite spielbare Figur eingeführt und viele Sachverhalte wie bspw. Nicos Vorgeschichte thematisiert, die vorher nur in Gesprächen angedeutet wurden. Für die Neuauflage konnten beide deutsche Hauptsprecher erneut für die Synchronisation der neuen Textzeilen gewonnen werden. Einige Nebenrollen, wie die Blumenverkäuferin vor Nicos Haus, wurden jedoch neu vertont. Optisch neu sind das überarbeitete Inventar und Closeups der Protagonisten während der Dialoge, wobei die ursprünglichen Hintergrundgrafiken beibehalten wurden. Ein Hilfesystem zeigt nun alle möglichen Interaktionspunkte mit Hilfe von Hotspots an und gibt auf Wunsch Lösungshinweise. Das ebenfalls neu eingeführte Tagebuch hält die Ergebnisse des bisherigen Spielverlaufs fest und ermöglicht es, die bisherige Handlung zu rekapitulieren. Im Vergleich zur Erstveröffentlichung wurden das Ziegenrätsel entschärft (s.o.) und die Sterbemöglichkeiten aus dem Spiel entfernt.
Kritikpunkte am Director's Cut waren unter anderem, dass beispielsweise in der Sprachausgabe deutliche Qualitätsunterschiede zwischen den alten und neuen Aufnahmen bestünden. Auch die neuen Zeichnungen sind deutlich von den ursprünglichen Grafiken unterscheidbar.[
Der Director's Cut erschien am 19. März 2009 für Nintendo DS und Wii, am 20. Januar 2010 für iPhone und iPod Touch, am 30. Mai 2010 in einer iPad-optimierten HD-Version und am 28. August 2010 für den PC