Кыргызстан не имеет выхода к морю. Более трёх четвертей территории Кыргызстана занимают горы. Пик Победы, высотой 7439 м — наивысшая точка страны (самый северный семитысячник на Земле \со стороны Китая Пик Победы называется гора Томур). Северная граница страны лежит примерно на широте Баку, Рима и Нью-Йорка, южная — на широте Лиссабона и Вашингтона[18].
Территория Кыргызстана расположена в пределах двух горных систем. Северо-восточная её часть, бо́льшая по площади, лежит в пределах Тянь-Шаня, юго-западная — в пределах Памиро-Алая. Государственные границы Кыргызстана проходят главным образом по гребням горных хребтов. Лишь на севере, северо-западе и юго-западе, в густонаселённых Чуйской, Таласской и Ферганской долинах, — по подножиям гор и предгорным равнинам. По оценкам исследователей, 97,8 % всех поселений республики расположены в районах с сейсмичностью 8—9 баллов[19].
Вся территория республики лежит выше 401 м над уровнем моря; более половины её располагается на высотах от 1000 до 3000 м и примерно треть — на высотах от 3000 до 4000 м. Горные хребты занимают около четверти территории и простираются параллельными цепями в основном в широтном направлении. На востоке главные хребты Тянь-Шаня сближаются в районе Меридионального хребта, создавая мощный горный узел. Здесь (на границах с Китаем и Казахстаном) поднимаются пики Победы (7439 м) и Хан-Тенгри (6995 м).
На северо-востоке на высоте 1609 м над уровнем моря находится шестое в мире по глубине озеро, которое входит в группу основных достопримечательностей Кыргызстана — горное озеро Иссык-Куль, на берегу которого расположены многочисленные пансионаты, санатории и туристические базы. Озеро находится в Иссык-Кульской котловине, между хребтами Терскей Ала-Тоо (с юга) и Кюнгёй-Ала-Тоо (с севера).
Из крупных озёр есть также Сонкёль и Чатыр-Куль.
В 105 км к востоку от озера Иссык-Куль находится горное ледниковое озеро Мерцбахера с плавающими на поверхности айсбергами, знаменитое тем, что в летний период, набрав определённый уровень, вода быстро с шумом исчезает.
Западная часть Кыргызстана расположена в пределах Западного Тянь-Шаня.
На юго-западе в пределы Кыргызстана входят северная, восточная и южная окраины Ферганской котловины с предгорьями.:
На юге к Кыргызстану относятся северный склон Туркестанского хребта, Алайский хребет, Алайская долина и северный склон Заалайского хребта (Пик Ленина, 7134 м), составляющего северную окраину Памира.
Географически Кыргызстан горными хребтами и перевалами условно делится на север (Таласская, Чуйская, Иссык-Кульская и Нарынская области) и юг (Баткенская, Ошская и Джалал-Абадская обл.). Север и юг соединяются высокогорной автомагистралью Бишкек — Ош. В пути с севера на юг дорога проходит через тоннель (3240 м над уровнем моря, длина 3 км) под перевалом Тёо-Ашуу (кирг. Төө-Ашуу — верблюжий перевал) (более 3500 м над уровнем моря), Суусамырскую долину, перевал Ала-Бель (3200 м), заповедную зону — ущелье Чычкан, Токтогульское водохранилище, перевал Кёк-Бель (2700 м) с последующим выездом в Ферганскую долину.