10 декабря 1930 г. был сформирован 66-й Памирский пограничный отряд войск ОГПУ Средней Азии. Изначальная зона ответственности отряда – участок государственной границы СССР с Афганистаном протяженностью более 1000 километров.
В ноябре 1942 г. отряд получает Боевое Красное Знамя.
В 1959 г. Памирский погранотряд переименован в 66-й Хорогский ПО.
В период с 1979 по 1989 г. существовал сводный боевой отряд 66-го Хорогского ПО, педназначенный для ведения боевых действий в ДРА. В январе 1980 СБО 66 ПО дислоцировался в районе Калай-Хумба. В феврале-марте 1980 СБО, совместно с подразделениями других погрнотрядов КСАПО участвует в операции “Горы-80”, благодаря чему были разгомлены отряды полевого командира Абдул Вахоба в Горном Бадахшане.
С мая 1980 СБО 66 ПО дислоцируется в Афганистане близ кишлака Гульхана.
В период с 1992 г. по 2005 г. отряд входил в состав Группы пограничных войск ФПС РФ в Республике Таджикистан.
В 2004 году отряд передан в подчинение Комитету по охране госграницы Республики Таджикистан...