Одна из самых долгих конфронтаций Роджера - его отношения со своим бывшим товарищем по группе Дэвидом Гилмором, разногласия с которым по поводу творчества PINK FLOYD продолжаются в течение последних 38 лет, с момента ухода басиста из группы в 1985 году.
Последнее заявление в отношении Роджера Уотерса недавно сделал Дэвид Гилмор. Он сказал в интервью, что когда его товарищ по группе узнал о том, что тогдашняя подруга и нынешняя жена Гилмора Полли Самсон помогает в сочинении музыки, и особенно текстов для группы PINK FLOYD, Уотерс высказал несколько сексистских и насмешливых утверждений в её адрес.