11 декабря 1699 года Петр I утверждает Андреевский флаг как официальный флаг Российского военного флота.

Под этим флагом российские моряки завоевали множество побед.
«Полотнище флага первоначально было разделено на три горизонтальные полосы (сверху вниз — белую, синюю, красную), перекрытые косым синим крестом, символизирующим учрежденный в 1699 первый российский военный орден святого апостола Андрея Первозванного.
Кроме флага были учреждены судовые вымпелы, цвет которых различался по эскадрам (с 1797 — по дивизиям) кораблей.
В 1700 были введены новые кормовые флаги для кораблей трех эскадр флота: авангарда, кордебаталии и арьергарда.
Поле этих флагов имело соответственно синий, белый и красный цвета, а в крыже (в верхнем углу у древка) на белом фоне размещался синий андреевский крест.
Адмиралам эскадр были присвоены стеньговые флаги, соответствующие флагам эскадр.
С 1797 в связи с увеличением флота стали различаться по цвету флага и части дивизий (эскадры): авангард носил синие флаги, кордебаталия — белые, арьергард — красные.
В 1712 был введен белый Андреевский флаг с голубым диагональным крестом, просуществовавший до 1917.
Под этим флагом в течение 200 лет сражались моряки Российского флота, прославившие его героическими подвигами во славу Родины.
В январе 1992 года правительство суверенной России приняло решение о возрождении Андреевского флага как символа Военно-морского флота Российской Федерации.
Тем самым, была отдана дань многовековым традициям русского флота.
26 июля 1992 года флаги ВМФ СССР были последний раз подняты на кораблях российского флота, после чего прозвучал гимн Советского Союза, под звуки которого они были спущены и вместо них под гимн Российской Федерации подняты Андреевские флаги.
С этого времени Андреевский флаг является официальным флагом Военно-морского флота Российской Федерации и поднимается на всех кораблях и судах, входящих в его состав.
Символика с Андреевским флагом используется в униформе личного состава ВМФ Российской Федерации.