Череда наводнений, произошедших на реке Зее в начале нового столетия, подорвала доверие жителей области к способности гидроузла обеспечивать их полноценную защиту от паводков. Изначально решение этой задачи наравне с выработкой дешёвой электроэнергии явились главными обоснованиями необходимости строительства Зейской ГЭС. Оба вопроса были успешно разрешены почти на три десятилетия в рамках существовавшей тогда хозяйственной модели.