Шахрух Хан родился 2 ноября 1965 года в Нью-Дели в семье пуштунов. По вероисповеданию Шахрух мусульманин[2]. Помимо него в семье есть старшая сестра Шехназ. Его отец Тадж Мухаммад Хан, известный в Индии адвокат (борец за свободу), переехал в Нью-Дели из Пешавара до раздела Индии, семья матери Фатимы была родом из Равалпинди, ныне — также Пакистан.
Шахрух Хан закончил школу в Нью-Дели, а затем, в 1988 году, — Делийский университет по специальности «экономика». После этого учился в университете на магистра по специальности «массовые коммуникации», однако предпочёл карьеру актёра.
После смерти обоих родителей, в 1991 году, переехал в Мумбаи. В том же году, 25 октября, Шахрух женился на Гаури Чи