Нетленные мощи угодника Божия были открыты спустя почти два столетия с половиной после его кончины, в царствование благочестивейшего Алексия Михайловича, в 1652 году. Обретение святых и нетленных мощей прп. Саввы было вызвано многочисленными дивными исцелениями и чудотворениями, совершившимися при гробе и по его молитвенному предстательству.

Ближайшим поводом к обретению мощей прп. Саввы, по существующем в Сторожевском монастыре древнему преданию, послужило явление угодника Божия самому царю Алексию.

Алексий Михайлович в одно из своих посещений монастыря ходил на охоту в окрестные леса звенигородские. Когда свита его рассеялась по лесу для отыскания логовища медведя и он остался один, из лесной чащи внезапно выбежал медведь и бросился на него. Царь, видя невозможность защищаться, обрек себя на верную смерть. Вдруг около него явился старец, и с его явлением зверь бежал от царя. Спрошенный об имени, старец отвечал, что его зовут Саввой и что он инок Сторожевской обители. В это время собрались к царю некоторые из его свиты, а старец пошел к монастырю.

Вернувшись в обитель, Алексий Михайлович спрашивал архимандрита о монахе Савве, думая, что это какой-нибудь еще неизвестный ему подвижник, поселившийся в монастыре. Архимандрит отвечал царю, что в монастыре нет ни одного монаха с именем Саввы. Тогда царь, взглянув на образ преподобного, уразумел, что это он сам, велел отслужить молебен и освидетельствовать гроб для приготовления святых мощей прп. Саввы к торжественному открытию.

Много и других чудес и явлений угодника Божия предшествовало открытию его мощей.

Тогда же, в 1654-1655 годы, произошли важные военные походы русского войска в войне с Польшей. Предстояло сражение за Смоленск, когда-то входивший в состав Руси, а затем на долгое время отошедший к западному соседу.

Когда-то преподобный Савва Сторожевский взял с собой в Звенигород икону Смоленской Божией Матери, чтобы с нею основать свой монастырь. А царь Алексей пошел к Смоленску с иконой, на которой был изображен лик святителя Саввы. Произошло это после того, как Звенигородский старец вновь явился государю, уже в городе Наре, и незримо благословил его на поход.

Война завершилась удачно, Смоленск вернулся под крыло России. Царь распорядился снять с городской ратуши уникальные часы с колоколом голландской работы и поднять трофеи на звонницу Саввино-Сторожевского монастыря. Уникальный колокол и по сей день отбивает время в обители. Его звон слышен так же, как когда-то при построениях здесь царского охранного войска, которое назвали «полк стрельцов Саввы Чудотворца».