«Дом странных детей Мисс Перегрин» — это приют на валлийском острове, скрытый во временной петле, где живут дети с невероятными способностями (левитируют, управляют огнем, невидимы, обладают сверхсилой), которыми руководит мисс Перегрин, умеющая превращаться в птицу.

Этот дом — убежище для «особенных» детей от монстров (в фильме их называют «пустыми»), которые охотятся за их необычными способностями, а главный герой, Джейкоб Портман, попадает туда, следуя за загадочным ключом и пытаясь разгадать тайну смерти своего дедушки, который сам когда-то жил в этом приюте.