Удру­ча­е­мый мир­ской бра­нью, Иоанн тай­но оста­вил епи­ско­пию и от­плыл в Иеру­са­лим. Со сле­за­ми мо­лил он Бо­га ука­зать ме­сто, где ему жить и спа­стись. Яви­лась яр­кая звез­да, ко­то­рая при­ве­ла Иоан­на в Лав­ру пре­по­доб­но­го Сав­вы. Иоанн, скрыв­ший свое епи­скоп­ское до­сто­ин­ство, был при­нят в чис­ло бра­тии про­стым по­слуш­ни­ком. По по­ру­че­нию свя­то­го игу­ме­на Сав­вы (па­мять 5 де­каб­ря) пре­по­доб­ный Иоанн бо­лее 4-х лет вы­пол­нял са­мые тя­же­лые ра­бо­ты на стро­и­тель­стве стран­но­при­им­но­го до­ма и мо­на­сты­ря для но­во­на­чаль­ных мо­на­хов. Ви­дя сми­ре­ние и тру­до­лю­бие Иоан­на, свя­той Сав­ва счел его до­стой­ным ру­ко­по­ло­же­ния во пре­сви­те­ра. Свя­ти­те­лю при­шлось от­крыть тай­ну пат­ри­ар­ху Иеру­са­лим­ско­му Илии (494–517). По бла­го­сло­ве­нию пер­во­и­е­рар­ха Иеру­са­лим­ской Церк­ви пре­по­доб­ный Иоанн при­нял обет мол­ча­ния. Вско­ре Гос­подь от­крыл тай­ну Иоан­на свя­то­му Сав­ве. Че­ты­ре го­да про­вел пре­по­доб­ный Иоанн в кел­лии, ни­ко­го не при­ни­мая и не вы­хо­дя да­же в цер­ковь. Же­лая еще боль­ше­го уеди­не­ния и су­гу­бо­го воз­дер­жа­ния, пре­по­доб­ный Иоанн по­ки­нул Лав­ру и уда­лил­ся в пу­сты­ню, где про­вел бо­лее де­вя­ти лет, пи­та­ясь тра­ва­ми. Здесь он пе­ре­жил опу­сто­ши­тель­ный на­бег са­ра­ци­нов и не по­гиб толь­ко по­то­му, что Гос­подь по­слал ему за­щит­ни­ка – сви­ре­по­го льва, при ви­де ко­то­ро­го вра­ги, не раз хо­тев­шие убить пре­по­доб­но­го, в стра­хе раз­бе­га­лись. Пре­да­ние рас­ска­зы­ва­ет о мно­гих чу­де­сах, яв­лен­ных по мо­лит­ве свя­того Иоан­на во вре­мя его жиз­ни в пу­сты­не. Ко­гда свя­той игу­мен Сав­ва, на­дол­го ухо­див­ший в Ски­фо­поль, вер­нул­ся, он уго­во­рил пре­по­доб­но­го Иоан­на оста­вить пу­сты­ню и вновь по­се­лить­ся в оби­те­ли. По­сле это­го Гос­подь чу­дес­ным обра­зом от­крыл всем на­сель­ни­кам Лав­ры, что Иоанн – епи­скоп. Ко­гда пре­по­доб­но­му Иоан­ну бы­ло семь­де­сят лет, скон­чал­ся свя­той и Бо­го­нос­ный отец, игу­мен Сав­ва. Свя­ти­тель глу­бо­ко скор­бел об усоп­шем. Свя­той Сав­ва явил­ся ему в ви­де­нии и, уте­шив, пред­ска­зал, что Иоан­ну пред­сто­ит мно­го по­тру­дить­ся в борь­бе с ере­сью. И, дей­стви­тель­но, Иоанн дол­жен был по­ки­нуть свою кел­лию, что­бы укре­пить бра­тию в борь­бе с ере­сью ори­ге­ни­тов. Пре­по­доб­ный Иоанн Мол­чаль­ник про­вел в Лав­ре пре­по­доб­но­го Сав­вы Освя­щен­но­го 66 лет. Не­устан­ным ино­че­ским по­дви­гом, не­усып­ной мо­лит­вой, сми­рен­но­муд­ри­ем стя­жал Иоанн бла­го­дать Свя­то­го Ду­ха: по его мо­лит­ве со­вер­ша­лись мно­гие чу­де­са; тай­ные мыс­ли лю­дей бы­ли для свя­ти­те­ля яв­ны­ми; он ис­це­лял боль­ных и бес­но­ва­тых; еще при жиз­ни сво­ей спа­сал от не­ми­ну­е­мой ги­бе­ли при­зы­вав­ших его имя; из се­ме­ни смо­ков­ни­цы, бро­шен­но­го свя­ти­те­лем в сухую поч­ву, про­из­рос­ло пре­крас­ное де­ре­во и при­нес­ло пло­ды. В воз­расте 104 лет пре­по­доб­ный Иоанн Мол­чаль­ник с ми­ром ото­шел ко Гос­по­ду.